經濟部水利署表示，在此次豪雨、颱風中發生海堤災害受損的台南七股、北門王爺港海堤工程經費，已納入今年整治預算中，並對地方政府補助5~7成的工程用地費，應可降低地方政府的負擔。
另外，台南市政府先前曾爭取沿岸沙洲復育、海堤保護經費約5億元，以及水利署海堤保護業務有關黃金海岸防護及北門地區的海堤工程，則已於101年度海岸環境營造計畫核編經費辦理中。
水利署表示，行政院為改善台灣地區易淹水區水患問題，由經濟部針對人口密集聚落、重大經濟建設區研提「易淹水地區水患治理計畫」，於95至102年編列特別預算1,160億元，分3階段推動實施，計畫執行到目前為止，無論疏濬清淤或已完成的各項堤防、抽水站、滯洪池、村落圍堤或分洪等工程，在近年幾次颱風豪雨考驗下，已逐步展現成效，也深獲當地民眾肯定。
依估計，全台各地易淹水地區必要執行的改善工程，總經費需求超過5千億元，但「易淹水地區水患治理計畫」經濟部執行部分僅核列800億元，水利署僅能依各地的淹水潛勢、人口密集度、急迫性等因素決定辦理優先次序，因此，在800億元的預算中，經費大部分投資在中南部縣市，如雲林縣、嘉義縣、台南市、高雄市及屏東縣等，足以顯示中央對於中南部地區水患治理的重視。
至於部分地方政府反應中央補助用地費不足部分，水利署指出，原本中央政府對地方政府在重大工程中，土地徵收費用依「中央對直轄市及縣(市)政府補助辦法」有不得補助用地費的規定，但本目前已排除這項規定，並且依地方政府財力分級分別給予5成至7成之補助，其中大部分縣（市）政府都是由中央補助7成，地方政府僅需自籌3成，應已大幅降低地方政府負擔。
